CE-SDS非还原条件下那个假峰，可能是你冤枉了它

2020年，Genentech在 《Analytical Biochemistry》上发表了一个令人警醒的案例。他们在分析三个IgG1单抗（trastuzumab、mAb1、mAb2）时发现：其中mAb2的非还原CE-SDS检测到约17%的高分子量（HMW）峰，但正交方法——体积排阻超高效液相色谱（SE-UHPLC）测得的天然聚集体只有约0.5%。两者的差异高达30倍以上。
研究团队用差示扫描量热法（DSC）测定了SDS化学变性过程中的热力学参数，发现原因直指mAb2的高构象热稳定性：标准浓度的SDS和常规温度条件下，mAb2未被充分变性，形成了部分折叠的中间态物种，在CE-SDS中表现出了类似HMW的迁移行为。通过DSC数据指导SDS浓度和变性温度的优化，这个”假峰”才消失。

• 在样品或筛分胶缓冲液中添加更疏水的表面活性剂——十六烷基硫酸钠（SHS）。SHS的疏水性比SDS更强（C16 vs C12烷基链），能更有效地剥离蛋白间的非共价相互作用；

• 降低样品上样量，减少电泳过程中的非特异性聚集概率；

• 将毛细管分离温度提升至40°C以上，增强热变性效果。

在2020年，在JPBA上报道了帕妥珠单抗（pertuzumab）及其生物类似药在还原CE-SDS中的LC与HC之间出现的一簇未知峰 。
这些峰导致了（LC+HC）%纯度无法达标。常规方法优化——改变缓冲液pH、变性温度或孵育时间——都无效。
团队通过反相液质联用（LC-MS）等多种技术手段，将这些峰定性为非共价形成的LC-LC二聚体。最终，通过将毛细管分离温度提升至60°C，同时将分离电压降低至9.5 kV这一不寻常的操作设置，成功消除了这些假峰。
有趣的是，一个团队将毛细管温度提到了60°C，而另一个团队（2025年）指出40°C以上即可——不同抗体平台需要的变性程度确实不同，也侧面说明了方法开发需要”一药一议”。